Hallo Jens,
Das Problem mit der mehrfach Installation könnte man evtl. umgehen.
Da es ein msi Paket ist scheinen die msi Parameter zu funktionieren. Ich habe es aber noch nicht auf einem Terminal Server getestet nur bei mir lokal. Das Problem ist wenn man den Client mit weiter weiter fertig installiert wird landet der Client in dem User Profil der das Paket installiert. Dieses hat aber nicht nur Nachteile da man so jegliche Berechtigungsprobleme auf einem Terminal Server umgeht ;-) Mittlerweile machen das viele Software Hersteller so zum Ärgernis eines jeden System Administrators.
cmd als administrator starten
msiexec /i "C:\Service\3C

esktopApp-18.3.33.msi" INSTALLDIR="C:\Program Files\3C

esktopApp" ALLUSERS=1
Wie gesagt nicht getestet man muss dann mal nach Feierabend schauen wie sich das auf einem Terminal Server verhält.
Zum provisionieren habe ich folgenden Tipp hier im Forum gefunden
https://www.3cx.de/forum/threads/windows-client-terminal-server.99955/